عبد اللّه الشرقاوي محمد علي واليا على مصر بشرط أن يحكم بمشورة وكلاء الشعب. ولكن محمد علي كان يميل إلى الحكم المطلق، وسرعان ما ضاق ذرعا برقابة وكلاء الشعب خصوصا السيد عمر مكرم زعيم العلماء، الذي أخذ يحاسب محمد علي باشا على جمع الضرائب التي فرضها، وبلغ من حماسته في الدفاع عن حقوق الشعب أن عقد مجلسا عاما من العلماء في (أواسط جمادي الأول سنة 1224 - أول يولية سنة 1809)، وقد أقسم المجتمعون على ألا يلينوا حتى يجيب الوالي مطالبهم التي تتخلص في عدم فرض ضرائب جديدة وإلغاء الضرائب المستحدثة، وقد ازدادت العلاقات توترا حينما رفض السيد عمر مكرم أن يوقع الميزانية السنوية. كما يريدها محمد علي، وأن من المعتاد أن يوقع على الميزانية وجوه المصريين قبل إرسالها إلى السلطان العثماني.
تنكر محمد علي للسيد عمر مكرم، وأخذ يسعى في التخلص منه، حتى سمحت له الفرصة في رجب 1224 (اغسطس 1809)، فقرر خلعه من نقابة الأشراف ونفيه إلى دمياط، وقد تلقى السيد عمر مكرم هذا النبأ بقوله: «أما منصب النقابة فإني راغب عنه وزاهد فيه وليس فيه إلا التعب، وأما النفي فهو غاية مطلوبى لأرتاح من هذه الورطة، ولكني أريد أن أكون في بلدة لا تدين لحكم محمد علي».
مكث السيد عمر مكرم أربع سنوات في دمياط نقل بعدها إلى طنطا التي استمر بها حتى عام 1233 (1818)، ثم أذن له بالعودة إلى القاهرة، ولكن استقبال الشعب الرائع لزعيمه أثار شكوك محمد علي مرة اخرى، فأمر بنفيه الى طنطا عام 1337 (1822) حيث توفي في نفس العام.
وقام الأزهر بتأييد القوات الوطنية في جهادها ضد الإنجليز عام 1807 ه، وأفتى زعماؤه في المؤتمر الوطني المنعقد في الأزهر بوجوب الجهاد الوطني، وقام العلماء ببذل مجهود كبير في سبيل الدفاع عن الوطن سواء بالتطوع أو إمداد الجيش بالمؤن والذخائر أو الدعوة إلى الجهاد.