لتطلعات المواطنين في تلمسان الذين كانوا يرفضون نصرة أعداء الدين ضد أبناء دينهم وإخوانهم من الجزائريين والأتراك العثمانيين. وانتهج (مسعود) شقيق (عبد الله الثاني) هذه السياسة ذاتها عندما طرد أخاه من تلمسان. وكان ذلك هو سبب إحجام ملك تلمسان عن إرسال جيشه لدعم الإسبانيين عندما قاموا بتنفيذ حملتهم ضد الجزائر. غير أن انتصار خير الدين وقوات المسلمين ذلك الانتصار الحاسم، أثار قلق سلطان بني حفص بتونس، خوفا من القوة المتعاظمة في المغرب الأوسط (الجزائر) وندم على ما فاته من نصرة الإسبانيين، فكتب إلى (صاحب تلمسان) يحذره من القوة المتعاظمة لخير الدين وبذلك عاد (محمد بن الحسن - الحفصي) للتآمر ضد المسلمين خوفا على نفوذه ومملكته في تونس من أن تطالها قوة المسلمين المتحالفين في الجزائر مع الإمبراطورية العثمانية.
وأعاد (خير الدين) تنظيم مملكة الجزائر، فقسمها إلى قسمين:
قسم شرقي يمتد من شرقي العاصمة الجزائرية حتى حدود المملكة الحفصية بتونس وتشمل بلاد القبائل الجبلية، ووضع على رأس هذا القسم أخوه في الجهاد وصديقه (أحمد بن القاضي الغبريني - سلطان كوكو ببلاد زواوة، حيث كانت بلدة كوكو تقع على بعد (18) كيلو مترا في الجنوب الشرقي من مدينة أربعاء بني براثن). أما القسم الغربي، فكان يمتد من الجزائر إلى حدود دولة بني زيان - غير المحددة بدقة - ووضع لإدارته (محمد بن علي).
وظن (خير الدين) أن باستطاعته الاعتماد في إدارة القسمين على الزعيمين المحليين لحكم البلاد. وترك لمدينة الجزائر السلطة العليا، ومباشرة أمور الحرب والسياسة. غير أن هذا التنظيم أثار نقمة