مقرونا بالدعاء أن يحسن اللّه لهم الجزاء ويهبهم الثواب، وهذه المكتبات وإن كان بعضها مستقلا بخزائنه كشروط أصحابها إلا أنها مسجلة ومفهرسة ضمن المكتبة العامة، ويجري الانتفاع بهما معا دون تمييز، وهذه هي أهم هذه المكتبات مرتبة حسب أهميتها:
1 - مكتبة سليمان أباظة باشا، وقد أهداها ورثته إلى الأزهر سنة 1898 م عملا بمشورة الإمام محمد عبده كما أسلفنا، وهي أنفس المكتبات الخاصة بالمكتبة الأزهرية، يستأثر فنا التاريخ والأدب بغالب كتبها، وتمتاز بكثرة المخطوطات وبخاصة الفنين المذكورين، وعدد مجلداتها 1484 مجلدا، وبها جملة صالحة من مطبوعات أوربا.
2 - مكتبة حليم باشا، وقد وزعت بين المكتبة الأزهرية ووزارة المعارف في أغسطس سنة 1912، وخص المكتبة الأزهرية منها نحو 2857 مجلدا، ويظهر من فنونها: القراءات والحديث والتصوف والطب والفلك والتاريخ، وبها كتب في بعض الفنون باللغات التركية والفارسية، وكثير من كتبها بخطوط جيدة موشاة بالذهب.
3 - مكتبة الشيخ عبد القادر الرافعي المفتي المتوفى سنة 1323 ه وقد وقفت بخزائنها الخاصة بها على الأزهر في مارس سنة 1927 م ووضعت في حجرة خاصة بها، وعدد مجلداتها 1457 مجلدا، وهي أغنى المكتبات الخاصة بفن الفقه الحنفي، وبها مخطوطات في هذا الفن يقال إنها من النوادر العالمية كشرح السندى على الدر المختار.
4 - مكتبة المغفور له الشيخ محمد بخيت المطيعي مفتي الديار المصرية المتوفى سنة 1935 م وقد وقفها في حياته بخزائنها الجميلة، ونفذ ورثته رغبته سنة 1938 م، وعدد مجلداتها 3365 مجلدا في فنون مختلفة يغلب فيها الفقه على مذهب أبي حنيفة.
5 - مكتبة المغفور له الشيخ الامبابي شيخ الجامع الأزهر المتوفى