*انفراد فقهاء الشريعة وحدهم بالرأي دون الاستعانة بالمتخصصين في مختلف العلوم.
والانحلال ما أدى الى دمار مدارسه الزاهرة، وان المدارس التي أنشأها صلاح الدين الأيوبي لتنافس الأزهر بدأت في الاضمحلال.
وفي عام 802 ه (1302 - 1303 م) ضرب مصر زلزال عنيف فسقطت معظم جوامع مصر ومن ضمنها الجامع الأزهر والجامع الحاكمي وجامع عمرو. فتسارع امراء الدولة الى تجديدها، فكان الأزهر من نصيب الأمير سيف الدين سلار (من رجال دولة المماليك البحرية) وكان ثريا، فجدد مبانيه وأعاد ما تهدم منها.
وفي عام 809 ه (1309 - 1310 م) انتهى الأمير علاء الدين طيبرس الخازنداري (نقيب الجيوش) من انشاء المدرسة الطيبرسية (دار الكتب الأزهرية الآن) وجعلها مسجدا، وقرر بها درسا لفقهاء الشافعية، وتأنق في رخامها وتذهيب سقوفها، على أشكال المحاريب، وفرشها ببسط منقوشة بشكل المحاريب كذلك، وجعل في المدرسة خزانة كتب كبيرة.
وفي العهد العثماني نال الأزهر ما ناله من الاهمال. فقد قضى السلطان سليم على معالم الحضارة الشرقية عامة والمصرية خاصة، فانتزع من مصر جميع نفائسها وكتبها، وأرسلها إلى القسطنطينية. على ان الأزهر نال بعض الاهتمام من الفاتح سليم، وأظهر له بعض الرعاية، وأكثر من زيارته والصلاة فيه، وأمر بتلاوة القرآن به. وتصدق على فقراء المجاورين، كما زاره السلطان عبد العزيز خان فيما بعد. وفي عام 1004 ه (1595 م) جدد الشريف محمد باشا والي مصر في عهد السلطان العثماني محمد الثالث الأزهر، ورتب لطلبته الفقراء طعاما يجهز كل يوم، فكان ذلك حافزا للطلبة على ان يؤموه من جميع البلاد. شرقا وغربا، وفي عام 1115 ه (1692 م) أوقف عليه محمد باي بن مراد حاكم ولاية تونس أوقافا جليلة، كما جدد الأمير إسماعيل بك القاسمي ابن الأمير ايواظ بك القاسمي