وعلى شرطته ابن أراكة الثقفي، ثم ولى عبيد الله بن العباس الكندي، وعلى شرطه خراش بن حوشب أخي العوام بن حوشب، وهو تولى نبش زيد بن علي من مدفنه.
ولم يزل يوسف على العراق حتى قتل الوليد وولي يزيد بن الوليد، فهرب فظفر به فكان محبوسًا في أيام يزيد وإبراهيم أخيه، ثم قتله ابن خالد القسري في محبسه، وسنذكرُ خبره إن شاء الله.
وقال سلم بن قتيبة: أرسلَ إلى يوسف بن عمر، فلمّا دخلت عليه قال: لم أرك. فقلتُ: كنت عليلا. قال: كذبت، ما عليك أثر العلة، امض إلى منزلك فإذا كان مثل هذا اليوم من قابل فائتني. فانصرفتُ وأقمت في منزلي إلى ذلك الوقت ثم وافيته فأذن لي فدخلتُ عليه فسلمتُ فردّ وقال:
اجلس، فجلستُ فقال: إني قد هيأت لأمير المؤمنين ألطافًا وهدايا، وكتبتُ إليه أصفك له، وأخطب عليك ولاية خراسان، وأمرت الوفد بإطرائك وصيرتك عليهم، وفي الوفد قمير بن مسعود في نفر من بني تَميم، فلما قدمت على هشام وصفني الوفد، فقال هشام: له في سائر أعمال العراق مندوحة عن خراسان.
حدثني عمر بن شبه عن عبيد بن جناد عن عطاء بن مسلم الخفاف قال: لما قدم زيد بن علي على يوسف قال: يزعم خالد القسري أنه أودعني أموالا وكيف يودعني وهو يشتم آبائي على منبره، فأحضر يوسف خالدًا في عباءة فقال له: هذا زيد وهذا داود بن علي وقد حلفا أنك لم تودعهما مالا، فقال: كيف أودع زيدًا وأنا أشتمه وأباهُ، فشتمه يوسف وردّه.