الجامع وسط المدينة شرقي المستنصرية، ويقال إنه نفس جامع القصر الذي شيده الخليفة المكتفى الذي حكم من عام 289 إلى عام 295 هـ (902 - 907 م). وهو من أهم مساجد المدينة (Le Strange: كتابه المذكور، ص 522 وما بعدها).
ووصل هولاكو وجنوده من المغول والترك إلى أسوار بغداد في المحرم من عام 656 هـ (يناير 1258 م) وفي الرابع من صفر (10 فبراير) وجد المستعصم آخر خلفاء بنى العباس نفسه مضطرًا إلى التسليم دون قيد ولا شرط. وقتل بعد ذلك بعشرة أيام هو وأفراد كثيرون من أهل بيته بينما نهبت المدينة وأحرقت، ولكنها لم تخرب بأسرها كغيرها من المدن التي فتحها هولاكو، لأنه كان يريد أن يتخذ منها عاصمة له، فنجده على العكس من ذلك قد أمر بترميم عدد من العمائر التي أصابها التخريب أكثر من سواها، مثل جامع القصر الذي سلفت الإشارة إليه.
ولما كنا لا نستطيع أن نفصّل القول في تاريخ بغداد هنذ فتحها المغول فسنقتصر على المعالم البارزة منه: كانت المدينة حتى عام 740 هـ (1339 - 1340 م) تابعة للمملكة الإيلخانية أو الهولاكية وجعلت حاضرة للعراق العربي. وفي هذا العهد زارها الرحالة المشهور ابن بطوطة عام 727 هـ (1327 م) ومما يدعو إلى الأسف أن وصفه لها مأخوذ في جملته من ابن جبير (رحلة ابن بطوطة، طبعة باريس، جـ 2، ص 100 وما بعدها). ويرجع وصف حمد الله مستوفى إلى هذا العهد أيضًا، أي إلى عام 740 هـ (1339 م). وفي عام 740 هـ ظهر حسن بزرك واستقل بالأمر فيها وأسس الدولة الجلائرية، وقام بتشييد مدرسة تم بناؤها في عهد ولده أونس، ولعل هذا كان عام 758 هـ (1357 م)، وسميت المرجانية نسبة إلى أمير يدعى مرجان، ولا يزال بناؤها قائمًا، وقد نشرت النقوش التي عليه: نشر نيبور جزءًا منها ونشرها كلها برشم (كتابه المذكور ص 45 وما بعدها).
واستمر حكم الأسرة الجلائرية إلى عام 1410 م، وفي أيامها استولى