سنة 1798، وألقى روفن فى السجن، كما سجن القناصل والتجار الفرنسيون وكانت التدابير التى اتخذتها تركية فى هذا الشأن أقل شأنًا وأبطأ سرعة من التدابير التى اتخذتها إنجلترا بكثير، وعقد الباب العالى فى 5 يناير سنة 1799 تحالفًا مع انجلترا، ونزلت الجنود التركية الأولى فى أبى قير فى 25 يولية، إلا أن بونابرت أكرههم على إلارتداد إلى أسطولهم بعد عودة الجيش الفرنسى مباشرة من حصار عكا، حيث أظهر الجزار باشا فى ذلك الوقت بدفاعه عن المدينة أنه تابع مخلص من أتباع السلطان. وبلغ الشام فى النصف الأخير من ذلك العام جيش تركى قوامه 80000 رجل تحت إمرة ضيا يوسف باشا، الصدر الأعظم منذ سنة 1798 (وكان ملك محمد باشا قد حل محل قوجه يوسف باشا فى يونيه سنة 1792، وخلف عزت محمد باشا ملك باشا محمد بعد سنتين ونصف سنة من توليه الصدارة العظمى)، وقد اشتمل هذا الجيش على 4000 رجل تقريبًا من الجنود النظاميين الجدد، ولحق به جيش الجزار؛ واستولى الترك على حصن العريش الصغير، وعقد الصدر الأعظم فى هذا الموضع نفسه هدنة مع الجنرال كليبر فى 28 يناير سنة 1800 وعد فيها الفرنسيون بالجلاء عن مصر، إلَّا أن الإنجليز نقضوا المعاهدة فهاجم كليبر الصدر الأعظم وكان يتقدم صوب القاهرة، وهزم الجيش التركى قرب أطلال عين شمس (20 مارس)، وتراجع الترك بعد هذا إلى الصحراء، وفى مارس سنة 1801 , أى بعد عام واحد، اشترك الترك مرة أخرى فى الحملة المصرية تحت إمرة القبودان باشا كوجك حسين؛ وقد أسفرت هذه الحملة عن إخلاء الفرنسيين للبلاد إخلاء تامًا واحتلال الجيش البريطانى مصر، وكان الحليف الآخر لتركية فى هذه الحرب هو روسيا، وكان أسطول روسى قد ظهر بالفعل فى البوسفور فى سبتمبر سنة 1798 فعقدت معاهدة تحالف بين الطرفين فى 23 ديسمبر، ثم يمم الأسطولان التركى والروسى المتحالفان شطر الساحل الغربى لبلاد اليونان
