عام 1191 هـ، ولم يستطع أن يمكث فى الحكم غير ستة شهور، والفترة الثانية عام 1201 هـ (1786 م) عندما عين شيخا للبلد للمرة الثانية على يد قبودان باشا حسن التركى. ولقد كان الغرض من حملة حسن على مصر تقوية نفوذ الباب العالى، ذلك النفوذ الذى كان قد تضاءل إلى أدنى حد منذ أيام إبراهيم كتخدا وخصوصا إبان حكم على بك، ولكن لم يتحقق الغرض من هذه الحملة، واضطر إبراهيم ومراد، بعد أن رأى فيهما حسن باشا أكبر الآثمين، إلى ترك القاهرة، ومع ذلك فلم يجسرا على مقاومة رسول الباب العالى صراحة، إلا أن حسن باشا اضطر فى آخر الأمر إلى ترك مقاليد حكم مصر فى أيدى المماليك، بل لقد استطاع إسماعيل بك أن يسترد منصب شيخ البلد بعد انسحاب حسن باشا، ذلك الانسحاب الذى عجل به تعقد أمور السياسة بين تركية وروسيا. ولم يستطع إبراهيم ومراد العودة إلى القاهرة إلا بعد أن اجتاح الطاعون إسماعيل وغيره من الأمراء عام 1206 هـ. وعفا عنهما الباب العالى فاقتسما من جديد حكم البلاد.
وفى أثناء تقدم الفرنسيين عام 1213 هـ (1798 م) انتظر إبراهيم على الشاطئ الشرقى للنيل، بين شبرا وبولاق، نتيجة وقعة الأهرام، وأمر بإحراق السفن المصرية الراسية ببولاق حتى يصعب على الجيش الفرنسى عبور النيل. وبعد وقعتى الخانقاه
والصالحية، تمكن إبراهيم من الهرب إلى الشام بحاشيته ومتاعه ومكث فى غزة ثم انسحب منها إلى الشمال الشرقى أثناء حملة نابليون على فلسطين.
وعاد إبراهيم إلى مصر مع جيش يوسف باشا الصدر الأعظم، ودخل القاهرة (فبراير عام 1800) أثناء واقعة عين شمس صحبة نصوح باشا الذى كان الباب العالى قد أقامه واليًا على مصر؛ ثم ترك إبراهيم المدينة ثانية مع الجيش التركى، عندما استطاع الفرنسيون الثبات فيها، ورفض التقرب بحال إلى الفرنسيين بينما هادنهم مراد بك فحصل بذلك على حكم مصر العليا. وتوفى الأخير بعد ذلك بقليل بالطاعون فى أبريل عام 1801.