وجعلوه سلطانًا ولقبوه "بالملك المُعز" (28 ربيع الثانى 648 هـ/ 11 يوليو 1950 م). وبعد أيام قليلة استعاد قيادته السابقة للبحرية، واعترف بطفل، هو الأشرف موسى، سليل أيومبى اليمن سلطانًا إسميًا. ولقد فشل هذا التدبير فى تهدئة الناصر يوسف، الذى أرسل أكثر من حملة لمصر وعاد أيبك إلى السلطنة فى سنة 652 هـ/ 1254 م. وتزوج لبعض الوقت من شجر الدر، متبعا فى ذلك سنن سابقيه السلاجقة فى زواج الأتابك من أرملة سيده المتوفى.
كما ازدادت العداوة فى نفس الوقت، بين البحرية وطائفة أيبك، المعزية. وقام فارس الدين أقطاى الحمدار فأخذ الوصاية الملوكية وعقد زواجه على أميرة أيوبية وكان زواجًا سياسيًا وطلب منها أن تقيم فى قلعة القاهرة. ولقد دبر أيبك إغتيال أقطاى على يد مملوكه قطز المعزى. وأضعف هذا الإنقلاب من قوة البحرية، فهرب الكثيرون منهم إلى الشام ودخلوا فى خدمة الأيوبيين. وكان بين هؤلاء بيبرس البندقدارى.
ومما يدعو للسخرية، أن زواجًا سياسيًا ثانيًا أدى إلى قتل أيبك فلقد أثارت رغبته فى الزواج من إبنة الأتابك بدر الدين لؤلؤ أتابك الموصل غيرة شجرة الدر، التى دبرت مقتله يوم 3 ربيع الأول 655 هـ/ 10 أبريل 1257 م. إلا أن تشتت البحرية تركها دون حماية كافية. وقد قام المعزية بقتلها، وبتعيين على بن أيبك، من زوجته الثانية، سلطانًا، وأصبح قطز من أهم الأقطاب. وحين بدأ الغزو المغولى لسوريا فى سنة 657 هـ/ 1259 م، اغتصب قُطز السلطنة لنفسه ووادع بيبرس، الذى عاد إلى مصر وخرجا على رأس حملة وتمت هزيمة المغول على أيديهما فى موقعة عين جالوت فى 25 رمضان 658 هـ/ 3 سبتمبر 1260 م. وسرعان ما انحسر الهجوم المغولى عن الشام ولقد وقع الناصر يوسف أسيرا فى يد المغول، ووقعت الإمارتان الأيوبتان الكبيرتان دمشق وحلب تحت حكم المماليك المباشر رغم احتفاظ إمارات حمص وحماة والكرك الصغيرة باستقلالها وبنهاية هذه الأزمة، عادت المنافسة