أما مخطوطات الكتاب فقد سبق الإشارة في المقدمّة إلى أنّ البحث لم يظهر وجود نسخة كاملة من الكتاب، ولم تمتلك مكتبة - فيما هو معروف، أو من خلال المصادر والمعلومات نسخة متكاملة من الكتاب، ولكنّ منه أجزاء مفرّقة جمع منها ما تيسّر الوصول إليه، وما أعان على إخراجه. وهذا وصف موجز لهذه المخطوطات.
(١) مجلد من أوّل الكتاب تحتفظ به دار الكتب المصرية في القاهرة، تحت رقم ١٩١ حديث. وهو يحوي الجزأين الأوّل والثاني منه، يبدأ من أوّله، ثم ينتهي الجزء الأوّل في الورقة السادسة والأربعين بعد المائة - مسند جابر بن عبد اللَّه، ثم أشير إلى نهاية الجزء، وبدأ الثاني: مسند جابر بن عتيك بالبسملة. وينتهي المجلد بالحديث السابع والثلاثين بعد المائة من مسند أبي سعيد الخدري (٢٠٦٧). وإن كان المألوف في تقسيم أجزاء الكتاب أن الجزء الثاني أطول من ذلك، وهذا ليس في آخره سقط أو نقص.
كتب المخطوطة أحمد بن (حسين السيرافي) سنة ستّ وعشرين وسبعمائة للهجرة، بخط نسخي جيّد. أُشير في مواضع منها إلى القراءة والمعارضة. وفي آخرها مطالعة سنة خمس وتسعين بعد الألف. وأثبت على حواشيها بعض التصحيحات، وعليها أختام وتملّكات عديدة. ومن مظاهر العناية بالمخطوطة ما امتلأت به حواشيها من كتابة العنوانات المقتبسة من الأحاديث: التقاء الختانين يوجب الغسل. حكم اللقطة وتعريفها سنةً. دعوة ذي النون. .
والمخطوطة في خمس وسبعبن ومائتي ورقة، عدد أسطر الصفحة الواحدة واحد وعشرون سطرًا. كتبت أسماء الصحابة وأرقام الأحاديث فيها بخطّ كبير. وهي في حالة جيّدة، لم يسقط منها شيء.
وقد رمزت لها بالرمز (ك).
وفي الصفحات (٤٥ - ٤٧) صور لغلاف المخطوطة، وصفحتها الأولى، وصفحتها الأخيرة.
(٢) الجزء الأوّل من مخطوطة صوّرت من الهند، في جامعة الإمام محمد بن سعود الإِسلامية بالرياض (ف ٨٢٧٤). وقد أصاب أوَّلَ المخطوطة تلفٌ أضاعَ جزءًا من المقدّمة، واستدرك صفحة منها بخط مغاير قديم. والمألوف في التقسيم أن ينتهي الجزء في آخر مسند جابر بن عبد اللَّه، لكان الصفحات الأخيرة تالفة أو ساقطة من التصوير،