السَّجْنَة الثالثة: بمصر بسبب مسألة الاستغاثة والتوسل، أيامًا قليلة. وفيها ألف: "الرد على البكري".
السَّجْنَة الرابعة: بمصر وهي امتداد للثالثة، لمدة تزيد عن شهرين.
السَّجْنَة الخامسة: بمصر وهي امتداد للرابعة، لمدة سبعة شهور وأيام.
السَّجْنَة السادسة: بدمشق، بسبب مسألة الطلاق، لمدة خمسة شهور وثمانية وعشرين يومًا.
السَّجْنة السابعة: بدمشق بسبب مسألة الزيارة، لعامين وثلاثة أشهر وأربعة عشر يومًا. وفيها أَلْف جملة من الكتب منها: "الرد على الإخنائي".
وهذا بيان سجناته وأسبابها وآثارها مع شيء من التفصيل:
السجنة الأولى: في دمشق عام ٦٩٣ لمدة قليلة، بسبب واقعة عسّاف النصراني، الذي شهِدَ عليه جماعة أَنّه سَبَّ النبي -صلى الله عليه وسلم- فلما بلغ الخبر شيخ الإِسلام -رحمه الله تعالى- اجتمع هو والشيخ زين الدِّين الفارقي شيخ دار الحديث، فدخلا على نائب السلطان بدمشق، عز الدِّين أَيبك الحموي فطلب النائب إِحضاره، فحضر عسّاف ومعه مجيره "أَمير آل على" فضربهما الناس بالحجارة؛ لهذا طلب النائب الشيخين: ابن تيمية والفارقي، فضربهما بين يديه، ورَسَّمَ عليهما بالعذراوية ثم استدعاهما النائب وأَرضاهما،